以下の通りに考えます。

1. Active accountsはここは「活発に取引が行われている口座」と素直に訳すのがよいでしょう。
cf. active account - definition of active account from BusinessDictionary.com: "Bank account or credit account with frequent or regular transactions." (http://www.businessdictionary.com/definition/active-account....　下記Websiteその他も同様です。
2.year-on-yearの意味、および文の構成的にはbluemagentaさんのご指摘どおりです。
3.ソーステキストの大意：「利益に関連する数字はどこから見ても計画に先行していてきわめて良好。ただし、現状の顧客数だけは例外で、活発に取引が行われている口座数を対前年度ベースでみると、そこには依然、懸念がある。・・・」

Hope it helps.